Segundo o MPF, Reinaldo Azambuja se valeu do cargo de governador para exercer o comando da organização criminosa e praticar crimes como corrupção ativa e iva e lavagem de dinheiro. Ele pediu e aceitou promessa de vantagens indevidas readas pela empresa JBS. A contrapartida para a empresa foi a concessão de benefícios fiscais ilegais, por meio da de Termos de Acordos de Regime Especial (Tares) ou aditivos. Cerca de 30% dos valores que a JBS deixava de recolher aos cofres públicos em impostos, em decorrência dos Tares assinados, eram reados para a organização criminosa. Os acordos eram assinados por Márcio Campos Monteiro, na condição de secretário de Finanças.
O pagamento das vantagens indevidas era dissimulado por meio de doações eleitorais oficiais, que em seguida eram descontadas de uma “conta propina”, mantida pela JBS; por meio de notas fiscais frias emitidas por empresas e pecuaristas indicados pelo próprio Azambuja, sem a devida contrapartida em produtos ou serviços e com os valores revertidos direta ou indiretamente em benefício do governador; e por meio da entrega de dinheiro em espécie a emissários de Azambuja. O principal operador do esquema era o filho do governador, Rodrigo Souza e Silva, também denunciado.